亚麻籽生吃容易引起食物中毒，亚麻籽壳中含有一种氰化物，叫做生氰糖苷。这种物质本身没有毒性，但当我们摄入体内后水解产生氢氟酸，它有剧毒。不过，生亚麻籽是可以吃的，少量吃，身体可以正常代谢排毒。100克亚麻籽分解释放38毫克的氢氟酸，氢氟酸的危险剂量是60毫克，所以建议每次生吃亚麻籽不要超过10克。
生氰糖苷本身不呈现毒性。但含有生氰糖苷的植物被动物采食、咀嚼后，植物组织的结构遭到破坏，在适宜的条件下（有水存在，pH5左右，温度40~50℃），生氰糖苷经过与其共存的水解酶的作用，水解产生氢氰酸（HCN）而引起动物中毒。
亚麻籽每天吃多少？每个人推荐的剂量可能不同，吃法和用途都影响亚麻籽的用量，成人日用量5-10ml,特殊人群15-20ml,孕妇孕前期5-10ml,孕中后期10-15ml,婴幼儿1-3ml.
亚麻籽脱毒方法，高温加热可去除95的氢氟酸。微波脱毒原理： 微波加热由于其选择性吸收特点，加热时水的耗损因子比其他介质大，故升温较快，这样不会导致其他物质升温过快，即所谓的“调平”作用。正是由于微波加热的调平作用，使得亚麻籽中的水迅速升温，从而激活了糖苷酶的活性（糖苷酶的升温速度比水慢），使生氰糖苷迅速转化成氰醇，继而裂解成HCN.形成的HCN与水一道被蒸发释放出来。
